« L'une des plus graves menaces pesant sur la santé mondiale, la sécurité alimentaire et le développement ». C'est ainsi que l'Organisation mondiale pour la santé qualifie la résistance aux antibiotiques.

Pour résister à leur environnement, les bactéries sont capables de développer une résistance. « C'est la capacité acquise qu'a un pathogène à résister à un principe qu'on lui oppose », explique ainsi Marion Vittecoq, chercheuse à la Tour du Valat, institut de recherche pour la conservation des zones humides méditerranéennes. « Ce phénomène de résistance est bien antérieur à l'invention des antibiotiques. Et la plupart du temps, cela est sans danger. Le problème, c'est la résistance aux antibiotiques que nous utilisons à des fins médicales ou vétérinaires ».

Car depuis le 18ème siècle, les antibiotiques ont été un tournant qui a posé les bases de la médecine telle qu'on la pratique aujourd'hui. Ils permettent de traiter toute une série de maladies infectieuses comme la pneumonie, la tuberculose ou encore la septicémie. « Sans eux, on ne pourrait pas faire de chirurgies. La médecine néonatale repose aussi beaucoup sur ces antibiotiques », complète Marion Vittecoq.

Remise en cause de la médecine

Mais à trop recourir aux mêmes molécules antibiotiques chez l'Homme et l'animal, « on exerce une pression sélective sur les populations de bactéries ». De telle sorte que celles possédant un gène de résistance gagnent un avantage compétitif sur les autres bactéries et se multiplient, mettant à mal certains traitements.

Si le phénomène demeure peu visible pour la plupart des citoyens européens, il suscite davantage de craintes auprès du personnel hospitalier. « Ils le ressentent beaucoup. Chaque année en France, plusieurs milliers de décès sont dus à des échecs thérapeutiques ».

Dans d'autres régions du monde, la situation est plus préoccupante encore. « Dans beaucoup de pays, en Asie et en Afrique en particulier, l'usage d'antibiotiques est totalement dérégulé, aussi bien en médecine humaine qu'animale. On a par ailleurs des populations importantes et un système de santé moins performant. Cela génère des problèmes de multirésistance beaucoup plus fréquents. Et dans un monde mondialisé, il n'est pas exclu que des germes arrivent chez nous ».

Une consommation d'antibiotique mieux encadrée

Pour se prémunir de ces risques, la France et l'Europe ont beaucoup agi en faveur d'une diminution de la consommation d'antibiotiques. On se souvient de la campagne « Les antibiotiques, c'est pas automatique ». Les tests permettant d'identifier la présence et la résistance de bactéries préalablement à la délivrance d'antibiotiques sont également encouragés et fréquemment utilisés dans le milieu hospitalier (un peu moins en médecine de ville). Dans les élevages, on restreint l'utilisation des antibiotiques au traitement de maladies, interdisant leur utilisation en prévention ou comme facteur de croissance. Le gouvernement fait également de ce sujet un axe prioritaire de recherche avec une série de plans pour développer de nouvelles solutions.

D'autant que dans ce contexte, l'industrie pharmaceutique se trouve face à une situation délicate. « Le mot d'ordre est d'utiliser le moins possible d'antibiotiques. Donc il est devenu peu lucratif d'en développer, de telle sorte qu'on manque aujourd'hui de nouveaux antibiotiques. Il faudrait par ailleurs trouver des solutions pour exercer une pression moins forte sur les bactéries ».

Le sujet de la consommation d'antibiotiques est donc au cœur des préoccupations. Reste un pan peu exploré de la compréhension de l'antibiorésistance : l'environnement. C'est précisément sur ce volet qu'intervient la Tour du Valat, active sur le sujet depuis une dizaine d'années.

De l'antibiorésistance chez les goélands

« Quand je suis arrivée à la Tour du Valat, en 2009, nous avions une collaboration avec une équipe suédoise qui travaillait sur les pathogènes des oiseaux aquatiques. Ils avaient montré une résistance aux béta lactamines (un antibiotique très utilisé, y compris en médecine de ville) chez différentes espèces d'oiseaux ». Une résistance que les chercheurs de la Tour du Valat observent à leur tour chez les goélands leucophées, une espèce relativement proche de l'Homme.

Une fois cette observation faite, l'équipe veut aller plus loin. Elle prélève des échantillons auprès d'une autre espèce de goélands, plus sauvage, le goéland railleur. Au final, il apparaît que les bactéries résistantes aux béta lactamines sont retrouvées dans les deux espèces. Mais on découvre aussi la présence de bactéries résistantes aux carbapénèmes, des antibiotiques de dernière génération utilisés uniquement en milieu hospitalier. Avec tout de même une antibiorésistance plus forte chez les goélands les plus proches de l'Homme.

Pas question de s'affoler pour autant. « Rien ne nous dit que cela aura un impact sur l'Homme. On ne sait pas dans quelle mesure cela peut nous revenir en effet boomerang ». Ce qu'il faut retenir néanmoins, c'est que les seuls efforts sur la consommation d'antibiotiques en médecine humaine et animale ne suffisent pas. Il est essentiel de comprendre comment ces bactéries résistantes à nos antibiotiques se trouvent dans la nature et comment elles circulent. Une meilleure connaissance permettrait d'adopter des mesures préventives, notamment en matière de gestion des effluents, qui limiteraient les risques de propagation. « Il y a encore peu de contrôles sur les eaux sui sortent des villes et des hôpitaux. Il n'y a aucune obligation légale de fournir des indicateurs sur les bactéries antibiorésistances que l'on peut y trouver ».

Un possible rôle de la pollution

La Tour du Valat s'interroge par ailleurs sur le rôle de la pollution dans cette antibiorésistance. « C'est quelque chose que l'on maîtrise encore assez mal. L'antibiorésistance est un phénomène avec plein d'espèces bactériennes, de gènes et de mécanismes de résistance qui entrent en jeu ». Des mécanismes de résistance qui peuvent valoir aussi bien face à un antibiotique qu'à un polluant. Ainsi, en présence de métaux lourds comme de molécules antibiotiques, certaines bactéries utilisent un mécanisme d'éviction semblable. Si bien que la présence d'un polluant peut générer de l'antibiorésistance. « Dans l'élevage porcin par exemple, on a utilisé du zinc pour remplacer des antibiotiques. Certains éleveurs ont observé une sélection équivalente des bactéries résistantes ».

Preuve que le champ d'étude est large et demandera encore plusieurs années d'investigations. Après les goélands, l'équipe de Marion Vittecoq s'est penchée sur les rongeurs de différents habitats. Les données s'accumulent, comme autant de photos des découvertes à un moment et un endroit donné. « Maintenant, on voudrait des vidéos pour savoir ce qui relie ces photos ». Des vidéos qui permettraient, entre autres, de mieux comprendre le rôle de l'eau.

Une eau omniprésente en Camargue, et dont la gestion par l'Homme en fait un système complexe. On y trouve par ailleurs une riche biodiversité, une présence humaine forte et « une grande vulnérabilité aux changements globaux qui favorisent l'émergence de pathogènes. C'est un terrain intéressant quand on étudie les maladies partagées par la faune sauvage, le bétail et l'Homme ». La Tour du Valat espère ainsi fournir des clés de compréhension qui prennent en compte la complexité de l'antibiorésistance, et contribuent à répondre aux grands défis de la médecine de demain.